Intérêts :
-souplesse : possibilité de moduler des interdictions plus ou moins fortes en fonction d’un zonage de territoire protégé, de mettre en place des dérogations en vue de l’entretien et de la gestion du biotope, d’instituer des interdictions temporaires ou permanentes si le milieu l’exige, de protéger un biotope sur l’ensemble du territoire d’un département.
-sanctions pénales dissuasives.

Limites : la prise en compte par le droit de l’urbanisme des arrêtés de biotope est limitée. En effet, ceux-ci ne sauraient être assimilés à des servitudes d’utilité publique devant obligatoirement figurer en annexe des plans locaux d’urbanisme (PLU). Aucune disposition du code de l’urbanisme ne prévoit d’obligation de compatibilité des PLU avec ces arrêtés. Toutefois, généralement, les zones faisant l’objet d’un arrêté de biotope sont classées en zone naturelle « N » ou « ND » des PLU et il a déjà été jugé que le fait qu’une zone boisée soit protégée par un arrêté de biotope justifie son classement en zone « N » (Conseil d’État, 3 septembre 1997, n°170189).

De plus, le principe d’indépendance des législations conduit à ce qu’un permis de construire n’a pas à respecter un arrêté de biotope (Tribunal administratif de Strasbourg, 21 décembre 1992, n°911274), d’où l’intérêt d’articuler la protection avec le code de l’urbanisme. Par contre, il a déjà été jugé que l’existence d’un arrêté de protection de biotope constitue un motif justifiant un refus d’autorisation d’exploiter une carrière (Cour administrative d’appel de Paris, 16 mai 2006, n°03PA003031).