Les signataires de la convention de Berne (1979) « (…) constatent la raréfaction de nombreuses espèces de la flore et de la faune sauvages et la menace d’extinction qui pèse sur certaines d’entre elles ».

Parmi les vertébrés du bocage, nombre d’entre eux (voir tableau) figurent à l’annexe II de la convention de Berne (version de 1992) qui énumère les espèces de faune strictement protégées.

La consultation du Livre rouge des espèces menacées en France (MNHN, 1983) ne fait que confirmer, en y ajoutant quelques noms (Muscardin, Triton marbré, Oedicnème criard, par exemple), tout l’intérêt du bocage dans la protection et la préservation d’espèces d’intérêt patrimonial.
Comme l’écrit Saint-Girons (1990), a propos de la faune semi-aquatique, "ce qui est le plus remarquable dans les bocages de l’ouest, c’est le maintien d’espèces rares qui ont disparu depuis plus ou moins longtemps de la majorité de la France".

Dans le grand-ouest, même très rare, le Vison d’Europe (Mustela lutreola) a fait, et fait encore, partie de la faune bocagère (Chanudet et al. 1966 – Lafontaine, 1988 – Sado, 1967 – Saint Girons, 1990 ). Tout comme la loutre, dont cette région représente l’une des dernières zones de refuge (Duplaix-Hall, 1971 – Lafontaine, 1991 a et b – Lodé, 1989 – Saint-Girons, 1990), et qui pourrait être un moyen de lutte contre le Rat musqué (MAHIEU, 1980). Ou encore le Castor (Castor fiber) pour lequel des opérations de réintroduction en Bretagne et sur les cours inférieur et moyen de la Loire sont menées (Rouland et Migot, 1991).

Après avoir déclaré que des espèces étaient menacées, les signataires de la convention de Berne ont écrit être « conscients de ce que la conservation des habitats naturels est l’un des éléments essentiels de la protection et de la préservation de la flore et de la faune sauvages (…) ». Selon l’IFEN (1995), « la destruction des milieux naturels est devenue (en France) la menace la plus importante pour les mammifères (uniformisation et appauvrissement des habitats), les oiseaux (disparition de zones humides, banalisation de forêts), les reptiles (suppression de haies, aménagements agricoles et touristiques), les amphibiens (remembrement, disparition de mares, multiplication par 2.5 des surfaces drainées de 1979 à 1990) ou les poissons (destruction des frayères) ».

Il ne peut donc être question de vouloir maintenir la biodiversité créée par le milieu bocager sans envisager la préservation, avec aménagement s’il convient, de ce milieu. Comme l’écrit Le Garff (1988), pour mieux souligner l’importance de préserver les milieux, « cesser de tuer est certes un premier pas important, encore faut-il laisser la possibilité de vivre ».