Deux grands types de modifications paysagères ont des répercussions sur les reptiles : la dégradation du bocage et la fermeture du milieu. Des études concernant l’impact des perturbations du milieu sur les reptiles ont été réalisées. En Loire Atlantique entre les années 60 et 70 une étude a montré qu’après le remembrement, les domaines vitaux de vipères suivis sont devenus inexistants (Naulleau, 2002). Ce même auteur évoque également l’impact des plantations d’arbres et d’un bouleversement du terrain sur une parcelle comprenant des îlots de végétation, de ronciers de broussailles et de chemins. L’année précédant cette perturbation 41 vipères sont observées sur moins de 1ha, alors que 8 ans après seulement 10 vipères sont contactées dont 9 sur les bordures extérieures de la parcelle (Naulleau, 2002). Ce déclin montre l’impact que peut avoir la fermeture du milieu. Enfin, une étude montrant les conséquences de l’impact de la modification d’un milieu bocager sur une population de vipères péliades, a été réalisée en Loire Atlantique sur la commune de Bouvron, de 1998 à 2003 sur 100 ha.

Dès l’hiver 1999-2000, des haies de 6m de largeur ont été réduites à 1m, ou même complètement rasées, afin de laisser la place à plusieurs hectares de champs de céréales. Une chute rapide des effectifs de vipères d’année en année est observée : (voir figure 2). Dans ce cas précis, les haies constituent les seules chances de survie sur le long terme de cette vipère dans ce genre de biotope bocager (Guiller Gaétan et Legentilhomme Jérôme).

Par ailleurs, la fragmentation du paysage a aussi des impacts négatifs sur les reptiles et notamment avec une importante mortalité routière (Bonnet et al., 1999).

Ces différents exemples montrent l’importance que peut avoir la qualité et la structuration des habitats sur la présence des reptiles ainsi que leur sensibilité aux perturbations des milieux.