La décision préfectorale de protection peut soit prendre la forme d’un arrêté autonome, soit s’intégrer à la procédure d’aménagement foncier rural.
Lors d’un aménagement foncier rural : dans le cadre des travaux connexes d’amélioration foncière, la commission communale d’aménagement foncier a qualité pour décider de l’exécution de travaux de nettoyage, de remise en état, de création et reconstitution d’éléments présentant un intérêt pour les continuités écologiques et les paysages tels que les haies, plantations d’alignement, talus, fossés et berges. Elle identifie les emprises foncières correspondant à ces éléments. La décision préfectorale de protection revêt généralement la forme d’une disposition intégrée à l’arrêté de clôture des opérations d’aménagement foncier.
L’emprise de ces haies sera alors reportée au plan de l’aménagement foncier et un descriptif de leur situation sera intégré dans les parcelles cadastrales.
Il a en outre été jugé que "si le préfet ne peut instituer de protection que sur les haies identifiées par la commission communale ou intercommunale d’aménagement foncier, l’absence de protection des haies qui résulterait de l’absence de proposition par la commission n’en constituerait pas moins un motif d’illégalité de l’arrêté clôturant les opérations de remembrement s’il résultait de l’instruction que des haies implantées sur le territoire inclus dans le périmètre du remembrement représentent un intérêt pour les équilibres naturels et les paysages." (Cour administrative d’appel de Lyon, 4 novembre 2010, n°09LY01731).
En dehors d’une procédure de remembrement : Le propriétaire désireux de faire protéger des éléments linéaires répondant aux caractéristiques précitées doit en faire la demande au préfet, seul ou conjointement avec le preneur si ces éléments séparent ou morcellent des parcelles attenantes données à bail. Le Préfet se prononce en tenant compte des intérêts de la politique des structures des exploitations agricoles, de la politique forestière et du respect et de la mise en valeur des milieux naturels, du patrimoine rural et des paysages. La protection des vergers de hautes tiges est décidée sur avis de la commission départementale d’aménagement foncier. La décision préfectorale de protection prend la forme d’un arrêté autonome. Les boisements, haies et plantations concernés sont identifiés par un plan annexé à cet arrêté de protection et un descriptif de leur situation dans les parcelles cadastrales.
